Chaque année le CNGE organise son congrès annuel national, évènement phare pour les PAMSU et les internes. Le comité scientifique du CNGE élabore un programme articulé autour du soin, de la pédagogie et de la recherche, toujours pertinent et suscitant un grand intérêt.
Le CLGE participe activement à chaque congrès, et organise annuellement une soirée conviviale lyonnaise pendant le congrès, conviant les PAMSU de la circonscription de Lyon, ainsi que d’autres prestigieux invités (équipe administrative du CNGE, membres des collèges locaux de St Etienne, Grenoble, Clermont-Ferrand).